Aplikasi Untuk Avogadro, Jmol, Gnome Crystal, EasyChem Chemical Structure Editor, dan Gamgi

Disini mari kita berbagi ilmu pengetahuan melalui teknologi yang ada. Dari beberapa apliksai yang telah kita ketahui, maka secara garis besar dapat kita pelajari  secara bersama-sama, semoga diberi kelancaran dan kemudahan,, ammmmiiiinnnnnnnnnnn

Diantaranya yaitu ada Avogadro, Jmol, Gnome Crystal, EasyChem Chemical Structure Editor, dan Gamgi…..mari kita belajar bersama…mari kita coba,,,jangan menyerah sebelum mencoba ya teman-teman…semangat…^_^

1. Avogadro

avogadro

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
  • Sumber untuk men-download silahkan klik di sini.
    Tutorialnya dapat dilihat atau diunduh dari sini. Ada juga tutorial dalam bentuk videonya, silahkan kunjungi http://avogadro.openmolecules.net/wiki/TutorialsSumber : http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/Posted in Uncategorized

2. Jmol

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini gratis lho….. selain gratis aplikasi ini kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix. Aplikasi ini bisa di download disitus resminya -> http://jmol.sourceforge.net/download/. Untuk aplikasi jmol ini tidak membutukkan persyaratan komputer yang neko-neko, yang penting komputer yang digunakan suport dengan java 1.4 keatas. Tutorial instalasi untuk masing-masing sistem operasinya bisa di lihat disitusnya.

Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.

Gambar di bawah ini adalah contohnya

j1

Jmol yang digunakan dalam sistem operasi linux (PCLinuxOS). Kalau untuk menggambar senyawa sesuai dengan keinginan yang pertama kali ada lah membuka jmol dengan tampilan polos.

j2

Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon “Open the model kit

j3

Setelah di klik muncul seperti ini deh.

j4

Nah langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa CH3NO2

j5

Nah jadi deh senyawa CH3NO2-nya. Software ini sangat berguna jika kita mempelajari tentang suatu senyawa atau kita juga dapat menggukanan aplikasi ini untuk proses belajar mengajar.

Untuk menu didalam sebenarnya masih banyak dan Jmol dapat menggunakan suatu script. Untuk keperluan yang sederhana seperti diatas, kemampuan mengolah data sebatas menggambar itu sudah cukup untuk mengoperasikan aplikasi ini. Untuk hal yang lebih rumit kemampuan dalam bahasa pemrograman juga di butuhkan.

Selamat mencoba ya,,, Yang tidak bisa kudu di coba,,, Yang sudah bisa kudu di bagi-bagi ilmunya,,,

Sumber :

http://jmol.sourceforge.net/

http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page

http://denslydani.wordpress.com/2011/12/27/software-kimia/

3. Gnome Crystal

Aplikasi Gnome Crystal adalah kristal yang sederhana struktur visualisator. Menggunakan format file sendiri, dan juga mampu membuka file CIF dan CML. Gnome Kristal file juga dapat ditampilkan dalam sebuah halaman html jika Anda menggunakan navigator berbasis mozilla.

1.1. Untuk Mulai Gnome Kristal

Anda dapat memulai Kristal Gnome di cara berikut:

aplikasi menu

Pilih Pendidikan-> Gnome Viewer Kristal Kristal Struktur.
command line

Tipe gcrystal, kemudian tekan Kembali.
1.2. Ketika Anda Mulai Gnome Kristal

Ketika Anda mulai Gnome Crystal, jendela berikut akan ditampilkan:

Gambar 1-1. Gnome Kristal dokumen window
gnome
Jendela Gnome Kristal mengandung unsur-unsur berikut:

menubar

Menu pada menubar berisi semua perintah yang Anda butuhkan untuk bekerja dengan file di Gnome Crystal.
Main Toolbar

Toolbar berisi subset dari perintah yang dapat Anda akses dari menubar.
Tampilan daerah

Area tampilan berisi isi dari file yang Anda menampilkan dan / atau mengedit.
statusbar

Statusbar menampilkan informasi tentang Crystal aktivitas Gnome saat ini dan informasi kontekstual tentang item menu. Tampilan default adalah grup ruang nomor file saat ini.

1.3. Untuk Buka File

Untuk membuka file, pilih File-> Buka untuk menampilkan dialog Open File. Pilih file yang ingin Anda buka, kemudian klik OK. File akan ditampilkan dalam jendela dokumen baru Gnome Crystal.

Untuk Membuka sebuah file baru dibuka, pilih entri yang sesuai di File-> baru Buka

Gnome Kristal dapat membuka file pada server jauh. Jika file yang read-only, File-> Simpan item menu dan tombol tool yang sesuai dinonaktifkan.

Menyimpan file CIF atau CML dalam tidak sepenuhnya dilaksanakan, dan banyak bidang akan lossed. Hanya struktur kristal akan disimpan.

Anda dapat membuka beberapa file di Gnome Crystal. Setiap file yang dibuka di jendela itu sendiri top-level.
1.4. Untuk Buka File Beberapa dari Command Line

Anda dapat menjalankan Gnome Kristal dari baris perintah dan membuka file tunggal atau beberapa file. Untuk membuka beberapa file dari baris perintah, ketik perintah berikut, kemudian tekan Kembali:

gcrystal file1 file2 file2 … mana file1 dan lain-lain, mungkin relatif, path absolut atau URI.

Ketika aplikasi dimulai, Gnome Kristal jendela dibuat untuk setiap file yang Anda tentukan.

4. Easychem Chemical Structure Editor

EasyChem is a program that helps you creating high quality diagrams of molecules and 2D chemical formulas that can be exported to PDF, PS, LaTeX and fig.

EasyChem was originally developed to create diagrams for chemistry books and is now frequently used for this purpose in commercial and non-commercial chemistry-related books.

cara meng-install easychem chemical structures
1.sudo apt-get update
2.sudo apt-get install easychem chemical structur

ada beberapa langkah yang harus ditempuh, misalnya:

simple = garis lurus

double = garis ganda

triple = garis tiga

going up = keluar/menghadap ke kita

going down = kebelakang/ menjauhi kita

dashed = garis putus-putus

arrow = garis panah

circle = lingkaran

kalau pingin tahu lebih, silahkan dipelajari…pasti bisa…so jangan meyerah sebelum bertanding..hehehe

easychem2

5. Gamgi

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom.GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll Ini bertujuan untukmenjadi berguna untuk: masyarakat ilmiah bekerja di Pemodelan atomistik yang membutuhkan grafis antarmuka untuk membangun input data dan untuk melihat dan menganalisis data output, dihitung dengan Ab initio-dan Molekuler Mekanika program, komunitas ilmiah di bidang kimia belajar yang besar, fisika, ilmu material, geologi, dll, yang membutuhkan antarmuka grafis untuk melihat dan menganalisis atom struktur informasi dan untuk mempersiapkan gambar untuk presentasi di kelas dan seminar, mengajar kimia dan fisika di sekolah menengah dan perguruan tinggi, ilmu promosi di sekolah-sekolah, pameran dan museum ilmu pengetahuan.

itulah yang dapat saya bagikan,, mengenai beberapa aplikasi software kimia…semoga bermanfaat…^_^

selamat mencoba…:)

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s